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Inicialmente habitada pelos Tamoios, que a denominavam como Piraguá (água parada) ou Sacopenapan (caminho dos socós), com a chegada do colonizador português, o Governador e Capitão-geral da Capitania do Rio de Janeiro, Dr. António Salema (1575-1578), pretendeu instalar um engenho de açúcar nas margens da lagoa. Para livrar-se da presença indesejável dos indígenas, recorreu ao estratagema de fazer espalhar roupas anteriormente utilizadas por doentes de varíola às margens da lagoa, vindo assim a exterminá-los. Iniciou-se então o plantio de cana-de-açúcar e a montagem do Engenho d'El-Rey, onde atualmente funciona o Centro de Recepção aos Visitantes do Jardim Botânico do Rio de Janeiro.
Posteriormente, essas terras foram adquiridas ao Dr. Salema pelo vereador Amorim Soares, passando a lagoa a ser referida como "Lagoa de Amorim Soares". Com a expulsão deste da cidade em 1609, as terras foram vendidas para o seu genro, Sebastião Fagundes Varela, com a consequente alteração da toponímia para "Lagoa do Fagundes". Este latifundiário, por aquisição e invasão, ampliou as suas propriedades na região, de maneira que, em torno de 1620, já era proprietário de todas as terras que se estendem dos atuais bairros de Humaitá até ao Leblon.
Em 1702, a sua bisneta, Petronilha Fagundes, então com 35 anos de idade, casou-se com o jovem oficial de cavalaria português, Rodrigo de Freitas de Carvalho, então com apenas 18 anos de idade, que deu o seu nome à lagoa. Viúvo, Rodrigo de Freitas retornou a Portugal em 1717, onde veio a falecer em 1748.
A região permaneceu em mãos de arrendatários, sem grande expressão até ao início do século XIX, quando, com a chegada da Família Real Portuguesa em 1808, o Príncipe-Regente desapropriou o Engenho da Lagoa para construir no local uma fábrica de pólvora e instalar o Real Horto Botânico (atual Jardim Botânico do Rio de Janeiro).
Durante o século XIX foram cogitadas diversas soluções para o problema da estagnação de suas águas, até que, em 1922, a Repartição de Saneamento das Zonas Rurais apresentou um projeto visando "sanear e embelezar a Capital para as festas do Centenário da Independência". Esse projeto consistia na abertura de um canal, através de dragagem, aprofundando a barra, religando a lagoa ao mar. Com a sua execução, a terra retirada do canal formou a ilha dos Caiçaras, atual sede do clube de mesmo nome.
Em pouco tempo surgiram aterros às suas margens, que reduziram paulatinamente o seu espelho d'água, surgindo o Jockey Club Brasileiro, o Jardim de Alah e a sede esportiva do Clube Naval na ilha do Piraquê. O canal dragado passou a denominar-se Canal do Jardim de Alah.
A lagoa representa atualmente uma das principais atrações turísticas da capital Rio de Janeiro. E é conhecida como "O Coração do Rio de Janeiro". O bairro Lagoa recebe sua denominação devido à Lagoa Rodrigo de Freitas. É um bairro de classes média-alta e alta e possui um dos maiores IDH do país.
Fonte: Wikipédia
